Czekolada może wpływać na ludzki organizm w sposób pozytywny oraz negatywny. Głównym ryzykiem płynącym ze spożywania dużej ilości czekolady jest otyłość. Jest ona wysokokaloryczna (zarówno mleczna, jak i gorzka mają ponad 530 kcal w 100g). Udowodniono, że sięganie po gorzką czekoladę, pozwala na dłużej zachować uczucie sytości, co sprawia, że mniej podjadamy. Również dzięki sporej zawartości kakao, produkt jest bogaty w dobroczynne polifenole, które przeciwdziałają chorobom serca, regulują gospodarkę lipidową i węglowodanową organizmu. W gorzkiej czekoladzie jest też więcej cynku, magnezu i żelaza. W badaniu zauważono, że osoby, które jadły wersję gorzką, miały niższy wskaźnik masy ciała BMI niż osoby, które wcale jej nie jadły.
Przez wiele lat uważano, że czekolada psuje zęby. Jak się potem okazało, z całego asortymentu słodyczy, to właśnie czekolada, szczególnie gorzka jest najefektywniejsza w zwalczaniu tego schorzenia. Wstrzymuje ona rozrost bakterii Streptococcus mutans – zasadniczych w rozwoju próchnicy. Zachodzi to na skutek blokowania glukozylotransferazy, niezbędnej do w procesie przyleganie drobnoustrojów. Składnik czekolady, czyli teobromina działa podobnie jak fluor, a więc wzmacnia szkliwo.
Istnieją sugestie, że czekolada oraz pewne produkty spożywcze, np. herbata, orzechy, szpinak czy rabarbar, powoduje zwiększenie poziomu szczawianów w moczu. Substancje te mogą prowadzić do tworzenia się kamieni nerkowych. Z tego względu osoby zmagające się z kamicą nerkową muszą zregenerować ze spożywania czekolady.
W badaniu z zastosowaniem pH-metrii przełyku, zauważono, że osoby cierpiące na refluks żołądkowo-przełykowy po zjedzeniu czekolady miały zmniejszone pH przełyku. Jest to związane z nasileniem wydzielania kwasu solnego w żołądku oraz z kurczeniem się zwieracza dolnego przełyku. Z tego powodu osoby częściej odczuwały zgagę. U niektórych ludzi (zwłaszcza u dzieci) po zjedzeniu czekolady może ujawniać się alergia na pewien składnik np. tyraminę, która może wywołać kołatanie serca, migrenę lub podwyższać ciśnienie.
Ponadto czekolada jest niebezpieczna dla zwierząt domowych, ponieważ teobromina w niej obecna może prowadzić do zatrucia. Związek ten może powodować biegunkę, wymioty, skurcze, zaburzenia pracy serca, wielomocz, a także wewnętrzne krwawienie, które może doprowadzić do zgonu.